目前市府已開發之工業區包括永康科技工業區、南科液晶電視及產業支援工業區(樹谷園區)、柳營科技工業區暨環保園區及新吉工業區等4處，永康科技工業區以建構汽機車零組件專區及南科中、下游產業完整供應鏈；樹谷園區則是全球第一座液晶電視專區，隨著全球綠能產業發展，憑藉園區內便利交通及豐富多元景觀環境等多項優勢，並結合臺南科技園區與周邊新市鎮，打造一座兼具高科技、綠色節能、人文休閒的科技城，同時創造優質和高科技融合的環境；柳營科技工業區暨環保園區則朝向環保科技，打造兼具時代趨勢與環保理念的優質園區；新吉工業區為全國第一個污水零排放之工業區，引進產業以低污染及低耗水之產業；未來市府積極開發之工業區為七股科技工業區，工業區基地鄰近南部科學工業園區、臺南科技工業區及永康科技工業區，可作為鄰近園區之衛星工廠，築構完整產業群落，將可減少產業間之運輸距離、排碳量與運輸成本，並可直接提升廠商間連結效益，達到節能減碳之效益及輔導違章工廠遷廠，打造零干擾之實質環境。