綜合企劃科本局中、長期工程計畫、預算整編、工程介面整合、工程管考、水患自主防災社區推動、防汛整備、水情資訊與淹水潛勢建置通報、防災業務(含保全計畫與防災應變)、電腦資訊化作業之規劃、設計、維護管理及推廣教育訓練、工程流程建置、工程施工品質查核督導及勞工安全等事項。 水利行政科辦理本市曾文溪北區域(鹽水、後壁、白河、新營、東山平地部分等5區)之水利工程業務，業務內容為水利新建工程、改善工程、維護工程、疏濬清淤工程，移動式抽水機與簡易抽水之設置、管理維護及雨水下水道工程等之設計、監造、訂約、施工履約管理、緊急搶修、復建、工程用地取得及拆遷補償及排水申請使用管理、溫泉、水權、地下水管制、地層下陷防治、水庫回饋費、水庫配合管理、土石採取等業務及法令研析、水利會輔導、河川配合管理等事項。 水利新建工程科辦理本市曾文溪北區域（包括北門、學甲、柳營、將軍、佳里、西港、麻豆、七股、六甲、下營、官田、大內平地部分等12區）之水利工程業務；業務內容為水利新建工程、改善工程、維護工程、疏濬清淤工程，移動式抽水機與簡易抽水之設置、管理維護及雨水下水道工程等之設計、監造、訂約、施工履約管理、緊急搶修、復建、工程用地取得及拆遷補償、排水規劃等事項。 水利養護工程科辦理本市曾文溪南區域（包括安定、善化、歸仁、新化、新市、南化、永康、龍崎、左鎮、關廟、楠西、玉井、山上平地部分等13區）之水利工程業務；業務內容為水利新建工程、改善工程、維護工程、疏濬清淤工程，移動式抽水機與簡易抽水之設置、管理維護及雨水下水道工程等之設計、監造、訂約、施工履約管理、緊急搶修、復建、工程用地取得及拆遷補償等事項。 |